Στη Μονή της Αθήνας έχουν συγκεντρωθεί τρία ιστορικά αρχεία του Τάγματος του Ιησού στην Ελλάδα: εκείνο της Σύρου (ΑΤΙΣ), εκείνο της Τήνου (ΑΤΙΤ) και εκείνο της Αθήνας. Σταδιακά, τα αρχεία αυτά εμπλουτίστηκαν με υλικό και άλλων μονών, όπως της Μονής Νάξου, της Σαντορίνης κ.λ.π., καθώς και θεσμικών φορέων ή προσωπικοτήτων, όπως της Μονής των Ουρσουλινών, του κτήτορα της Μονής Σύρου, Νικολάου Μαραγκού, του επισκόπου Fonton και του ιστορικού Αντωνίου Σιγάλα. Από τα διάφορα Ιησουιτικά Αρχεία που διαθέτει σήμερα η Μονή των Αθηνών, ξεχωρίζει το Αρχείο Τάγματος Ιησού Σύρου (ΑΤΙΣ). Και αυτό, επειδή επί πέντε περιόδους της ύπαρξης της Μονής στο νησί, πατέρες οι οποίοι είχαν ιδιαίτερο ενδιαφέρον για την ιστορία, προσέφεραν μέρος από τον πολύτιμο χρόνο τους, συλλέγοντας και καταγράφοντας υλικό: έγγραφα, κώδικες, εκδόσεις, φωτογραφίες και οπτικοακουστικά ντοκουμέντα.