1. Ιδρυτικά (1661-1769)
   2 . Περιουσιακά (1722-1836)

Από τα διάφορα Ιησουιτικά Αρχεία που διαθέτει σήμερα η Μονή των Αθηνών, το πλέον ενδιαφέρον και εύχρηστο είναι το Αρχείο Τάγματος Ιησού Σύρου (ΑΤΙΣ). Και αυτό, επειδή επί πέντε περιόδους της ύπαρξης της Μονής στο νησί, πατέρες οι οποίοι είχαν ιδιαίτερο ενδιαφέρον για την ιστορία, προσέφεραν μέρος από τον πολύτιμο χρόνο τους, συλλέγοντας και καταγράφοντας υλικό: έγγραφα, κώδικες, εκδόσεις, φωτογραφίες και οπτικοακουστικά ντοκουμέντα.

Το υλικό αυτό, το έθεταν, στη συνέχεια, στη διάθεση των επισκεπτών, αλλά και των ειδικών ερευνητών και μελετητών, με στόχο την πληρέστερη και βαθύτερη κατανόηση της ζωής και της αποστολής τόσο των ιερομονάχων και των μοναχών, όσο και της κοινότητας Ιησουιτών γενικότερα, όπως αυτή υπήρχε μέσα στο συγκεκριμένο γεωγραφικό, κοινωνικό, πολιτισμικό και θρησκευτικό περιβάλλον.

Εδώ αξίζει να αναφερθούν οι πατέρες που ασχολήθηκαν με την ιστορία της Μονής της Παναγιάς, αναδεικνύοντας την πνευματική και θεολογική βάση πάνω στην οποία αναπτύχθηκε το μοναστικό βίωμα των ιησουιτών επί τρεις και πλέον αιώνες: οι π.π. Φραγκίσκος Lalomia (1770-88), Δομήνικος Venturi (1806-23), Μποναβεντούρα Aloisio (1838-63), Ισίδωρος Περρής (1940-71), καθώς και ο π. Γαβριήλ Μαραγκός, ο οποίος από το 1978 έως σήμερα έχει την επιμέλεια του Αρχείου.

Καθένας από αυτούς προσέθεσε ένα πολύτιμο λιθαράκι στη διαφύλαξη, την οργάνωση και την καταγραφή κωδίκων, λυτών, και κάθε είδους ντοκουμέντων.

ATIΣ(ATIS) 210 (LF) : Συλλογή των αρχείων Σύρου . Πέντε περίοδοι Ιησουιτών υπάρχουν στο νησί της Σύρου. Το παλαιότερο χειρόγραφο χρονολογείται στο 1358. Μπορούμε να βρούμε μία ποικιλία εγγράφων διοικητικού, οικονομικού, θρησκευτικού και προσωπικού χαρακτήρα σχετίζονται με τη γερμανική και ιταλική κατοχή στη Σύρο και την Ελλάδα. Collection of Syros (ATIS) 210 (LF). Five periods of Jesuits present on the island of Syros. The oldest manuscript dates 1358. A variety of documents of an administrative, financial, religious and personal nature are related to the German and Italian occupation in the island of Syros and Greece.

1. Serie: History and organisation of the Monastery, file: 20 Κ95, subfile: a, documents: Libro Giornaliero 1935-1955, manuscrits 33, condition: readable, language: italian
2. Serie: History and organisation of the Monastery, file: 2 Κ100, subfile: b, documents: Libro di casa 1932-1950, manuscrits 29, condition: readable, language: italian
   3. Serie: Abbot's office, Subseries: Account Books, file:135, subfile:a, documents: Giornale 1937-1945, manuscrits 30, condition : readable, language: italian
   4. Serie: Abbot's office, Subseries: Account Books, file:135, subfile: b, documents: Arca Missionis, 1935-1940, manuscrits 45, condition : readable, language: italian
   5. Serie: Abbot's office, Subseries: Account Books, file:136, subfile: a, documents: Account Books 1937-1945, manuscrits 12, condition : readable, language: italian, greek
   6. Serie: Agios Alissios Association Archives, file:157, documents: Chronicles-Minutes 1865-1971, manuscrits 200, condition : readable, language: greek

ΑΤΙΤ: Συλλογή Τήνου (ATIT) 118,2 (LF). Χρονολογείται από το 1670 όταν ιδρύθηκε το πρώτο μοναστήρι Ιησουιτών. Μπορούμε να βρούμε μια ποικιλία εγγράφων διοικητικού, οικονομικού, θρησκευτικού και προσωπικού χαρακτήρα σχετίζονται με τη γερμανική και ιταλική κατοχή στο νησί της Τήνου και της Ελλάδας.
ΑΤΙΤ : Collection of Tinos(ATIT) 118,2 (LF). Date from 1670 when the first Jesuit monastery was founded. A variety of documents of an administrative, financial, religious and personal nature are related to the German and Italian occupation in the island of Tinos and Greece.

1. Serie: Organisation 9, subserie 9.3, documents: Abbot- Councils 1933-1947, condition : readable, language: italian
   Serie : Modern Times, subserie 121: Pilgrimage Exomvourgo, documents: Memorial of the dead 1941-1990, condition : readable, languages: french, german, italian, greek
2. Serie: Various, file: 101.1, subfile: γ, documents: List of Syros deceased 1791-1944, condition: readable, languages: italian
3. Serie: Lettere, file: 97, subfile: 2, documents: Letters from foreigners to Jesuits 1914-1946, condition: readable, language: greek
4. Serie: Books- Studies, file: 76, subfile: 2, documents: Diary of Iakovos Busetil, notebooks 1935-1944, condition: readable, language: greek
5. Serie: Relationships, subserie: Hierarchy of Greece, file: 43, subfile: 1, documents: α. Circulars 1940-1985, manuscrits 7, condition: readable, language: greek
6. Serie: Relationships, subserie: Episcopal correspondence, file: 42, subfile: 1, documents: α) Ι. Filippoussis- Al. Guidadi 1927-1960, manuscrits 84 β) Al. Guidadi. Management of the Property of the Churches 1929-1946, manuscrits 46, condition: readable, languages: italian-greek
7. Serie: Relationships, subserie: Episcopal correspondence file: 41, subfile : 2, documents: ε Church Authorities Chios-Mykonos, 1916-1976, manuscrits 8, condition : readable, language: italian -ελληνικά
8. Serie: Relationships, subserie: Holy See - Papal, file: 39, subfile: 2, documents: δ, Holy See to Tinos. Missions to the East 1929-1968, manuscrits 5, condition: readable, language: italian
9. Serie: Relationships, subserie: General Abbot’s authority, file: 33, subfile : 1, documents: α.Letters from Secretaries-General 1906-1968, condition: readable, language: italian - french
10. Serie: Relationships, subserie: General Abbot’s authority, file: 32, subfile: 2, documents: α. Paolo Dezza 1901-1982, manuscrits 6, condition: readable, language: french
11. Serie: Relationships, subserie: General Abbot’s authority, file: 31, subfile : 1, documents: α. Wlodimiro Ledochowski,1917-1946, manuscrits 15, condition: readable, language: italian

Αρχείο Μάρκου Β. Σιγάλα
Όταν ο Μάρκος Β. Σιγάλας ήταν Αποστολικός διαχειριστής Καθολικής Επισκοπής Θήρας, (1942-1947) βίωσε μαζί με τους Καθολικούς της Σαντορίνης, καθώς και με τους υπόλοιπους κατοίκους του νησιού, τα πολλά προβλήματα που προέκυψαν από την Ιταλική κατοχή πρώτα (1941-1943) , τη Γερμανική στη συνέχεια (1943-1944). Κυρίως προσπάθησε να εξασφαλίσει στο εκκλησιαστικό προσωπικό και τους λοιπούς Καθολικούς του νησιού τα αναγκαία μέσα διατροφής σε μια περίοδο γενικευμένου λιμού στην Ελλάδα και να τους εμψυχώσει με το κήρυγμά του να υποφέρουν με χριστιανική εγκαρτέρηση τη δοκιμασία.
ΜΑΡΚΟΣ ΣΙΓΑΛΑΣ : personal collection of father Marcos Sigalas 56,7 (LF). 9th -20th century
When F. Markos V. Sigalas was the Apostolic Administrator of the Catholic Diocese of Santorin, (1942-1947) faced with the catholics and the rest inhabitants of the island, the many problems that arose during the Italian (1941-1943) and German (1943-1944) occupation. He mostly tried to provide at the church and the other Catholics food in a period of generalized famine in Greece and to animate them with his preaching. (file H / 2)

1. Serie: Correspondence, subserie: Letters: 1909-1947 file:Π.Σ-ΜΣ Α, subfile: 1, documents: Chronicles of the parish churches in Syros 1934-1935, manuscrits 25, condition: readable, language: greek, german, french
2. Serie: Correspondence, subserie: Letters: 1911-1945 file:Π.Σ-ΜΣ Α, subfile: 2, documents: Correspondence with priests and ecclesiastical organisations and with secular individuals (in Syros, Naxos, Istanbul, Athens, manuscrits 30, condition: readable, language: greek, german, french.
3. Serie: Correspondence, subserie: Letters: 1911-1947, file: Π.Σ-ΜΣ Α, subfile: 2, documents: Correspondence with priests and ecclesiastical organisations and with secular individuals (in Syros, Naxos, Istanbul, Athens, manuscrits 30, condition: readable, language: greek, german, french
4. Serie: Speeches and discourses, file: Π.Σ-ΜΣ ΣΤ, documents: Apostolic administrator of the Catholic Diocese of Thera, 1942-1947, language: greek, german, french.

Ο Αντώνιος Β. Σιγάλας, καθηγητής στο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, συμμερίστηκε τις ανησυχίες αλλά και τα οράματα φοιτητών της πόλης που ήθελαν στα κρίσιμα χρόνια της Γερμανικής Κατοχής (1941-1944) να διατηρήσουν το εθνικό και αγωνιστικό πνεύμα τους, ενώ συγχρόνως βοήθησε συνανθρώπους του που δοκιμάζονταν. Αυτή η δράση του κρίθηκε ότι είχε «αριστερή» χροιά και μέσα στο αντικομμουνιστικό παραλήρημα που ακολούθησε την ήττα της Αριστεράς στα Δεκεμβριανά του 1944, οι τότε κρατούντες επιχείρησαν κάθαρση των υπηρεσιών του ευρύτερου δημόσιου τομέα από όσους θεωρήθηκε ότι δεν ήταν, με τα δικά
τους κριτήρια, καθαροί εθνικόφρονες. Κάποιοι καθηγητές στο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης που στη διάρκεια της Κατοχής έμειναν σιωπηλοί μπροστά στα όσυγκλονιστικά συνέβαιναν και μερικοί από αυτούς είχαν φιλικές σχέσεις με τους
Γερμανούς και τους Έλληνες συνεργάτες τους, θα πρωτοστατήσουν στο να εκδιωχθούν από το Πανεπιστήμιο όσοι θεωρήθηκαν ύποπτοι εθνικοφροσύνης λόγω της στάσης τους στην Κατοχή. Ένας από αυτούς ήταν ο Αντώνιος Σιγάλας. Αργότερα
του ζητήθηκε δήλωση νομιμοφροσύνης για να επανέλθει στη θέση του, αλλά απάντησε αρνητικά με το επιχείρημα ότι δεν θα ομολογήσει ότι έβλαψε την πατρίδα του για να κερδίσει πάλι τη θέση του, αλλά περιμένει την αποκατάσταση
της αλήθειας.
ΑΝΤΩΝΙΟΣ ΣΙΓΑΛΑΣ : personal collection of professor Antonios Sigalas 56,7 (LF). 9th -20th century
Antonios V. Sigalas, ex-catholic priest and later professor of history at the University of Thessaloniki, shared the concerns and visions of his students who wanted to resist in the critical years of the German Occupation (1941-1944). From his archives we have plenty of letters, brochures, photos, posters, correspondence related to this tragic period of global history. (in the process of documentation)