Από τα διάφορα Ιησουιτικά Αρχεία που διαθέτει σήμερα η Μονή των Αθηνών, το πλέον ενδιαφέρον και εύχρηστο είναι το Αρχείο Τάγματος Ιησού Σύρου (ΑΤΙΣ). Και αυτό, επειδή επί πέντε περιόδους της ύπαρξης της Μονής στο νησί, πατέρες οι οποίοι είχαν ιδιαίτερο ενδιαφέρον για την ιστορία, προσέφεραν μέρος από τον πολύτιμο χρόνο τους, συλλέγοντας και καταγράφοντας υλικό: έγγραφα, κώδικες, εκδόσεις, φωτογραφίες και οπτικοακουστικά ντοκουμέντα.

Το υλικό αυτό, το έθεταν, στη συνέχεια, στη διάθεση των επισκεπτών, αλλά και των ειδικών ερευνητών και μελετητών, με στόχο την πληρέστερη και βαθύτερη κατανόηση της ζωής και της αποστολής τόσο των ιερομονάχων και των μοναχών, όσο και της κοινότητας Ιησουιτών γενικότερα, όπως αυτή υπήρχε μέσα στο συγκεκριμένο γεωγραφικό, κοινωνικό, πολιτισμικό και θρησκευτικό περιβάλλον.

Εδώ αξίζει να αναφερθούν οι πατέρες που ασχολήθηκαν με την ιστορία της Μονής της Παναγιάς, αναδεικνύοντας την πνευματική και θεολογική βάση πάνω στην οποία αναπτύχθηκε το μοναστικό βίωμα των ιησουιτών επί τρεις και πλέον αιώνες: οι π.π. Φραγκίσκος Lalomia (1770-88), Δομήνικος Venturi (1806-23), Μποναβεντούρα Aloisio (1838-63), Ισίδωρος Περρής (1940-71), καθώς και ο π. Γαβριήλ Μαραγκός, ο οποίος από το 1978 έως σήμερα έχει την επιμέλεια του Αρχείου.

Καθένας από αυτούς προσέθεσε ένα πολύτιμο λιθαράκι στη διαφύλαξη, την οργάνωση και την καταγραφή κωδίκων, λυτών, και κάθε είδους ντοκουμέντων.